發(fā)布時間：2025-01-05 21:55

　　蛋白質(zhì)是生命的基石,單個蛋白質(zhì)的功能取決于它的三維結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)在蛋白質(zhì)研究中至關重要,只有在已知蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的情況下,才有可能設計出與蛋白質(zhì)表面相互作用、改變其不良行為或定位導致疾病的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)突變的藥物�？傮w上講,在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測領域,面臨著模型不精確性和構(gòu)象空間龐大兩個瓶頸問題,如何能夠基于先驗知識,設計高效的構(gòu)象空間優(yōu)化方法是目前蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測領域的一個重要問題。本文在進化算法的框架下,提出了一種基于二級結(jié)構(gòu)和殘基接觸的蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預測方法(SCDE)。主要研究工作包括如下三個方面:1、在國內(nèi)外研究現(xiàn)狀綜述的基礎上,詳細介紹蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、殘基接觸圖、片段組裝、以及能量評分函數(shù)等關鍵技術;此外,還介紹Rosetta平臺預測流程和模型精度評價指標。2、基于預測二級結(jié)構(gòu),構(gòu)建相似度模型,設計進化算法的選擇策略,實現(xiàn)海量構(gòu)象空間中二級結(jié)構(gòu)傾向性搜索;利用預測殘基間的接觸圖特征,建立蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)模型;設計基于殘基接觸圖的群體選擇策略,達到蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)緊湊傾向性搜索的目的;最后,設計了概率密度函數(shù)模型,實現(xiàn)兩種選擇策略的自適應過渡。3、基于Linux環(huán)境下的Rosetta平臺,采用C++...

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景及意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.3 研究內(nèi)容
    1.4 論文結(jié)構(gòu)安排
第二章 基本理論
    2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
    2.2 殘基接觸
    2.3 片段組裝
    2.4 能量評分函數(shù)
    2.5 Rosetta
    2.6 預測精度的性能指標
    2.7 本章小結(jié)
第三章 基于二級結(jié)構(gòu)和殘基接觸的構(gòu)象搜索方法
    3.1 基于二級結(jié)構(gòu)與殘基接觸的差分進化算法
        3.1.1 基于二級結(jié)構(gòu)的選擇策略
        3.1.2 基于殘基接觸的選擇策略
        3.1.3 選擇算子平衡策略
    3.2 基于二級結(jié)構(gòu)的交叉算子
    3.3 算法描述
    3.4 本章小結(jié)
第四章 實驗驗證與分析
    4.1 測試集及實驗設置
    4.2 結(jié)果分析
    4.3 二級結(jié)構(gòu)準確性對精度影響分析
    4.4 殘基接觸準確性對精度影響分析
    4.5 兩種選擇策略平衡分析
    4.6 收斂性分析
    4.7 近天然態(tài)采樣能力
    4.8 SCDE算法組件分析
    4.9 其他方法的比較
    4.10 CASP12 目標蛋白驗證
    4.11 基于殘基接觸的方法比較
    4.12 本章小結(jié)
第五章 結(jié)論與展望
    5.1 結(jié)論
    5.2 展望
參考文獻
致謝
作者簡介
    1 作者簡歷
    2 攻讀碩士學位期間發(fā)表的學術論文
    3 參與的科研項目及獲獎情況
    4 公開發(fā)明專利
    5 登記軟件著作權
學位論文數(shù)據(jù)集



本文編號：4023326