發(fā)布時間：2020-06-11 19:40

【摘要】：甜葉菊是原產于南美的多年生草本植物,以其高甜度、低熱能的特點逐漸走進人們的視野。我國是世界上最大的甜葉菊生產國和出口國,有關甜菊重要農藝性狀遺傳分析以及改良跟不上生產的需求。RAD-seq技術可以擺脫參考基因組的限制,并能快速鑒定出高密度的單核苷酸多態(tài)性標記(SNPs),非常適合大群體的研究。本研究以甜葉菊大葉親本和小葉親本雜交產生F_1分離群體為作圖群體,利用高通量RAD-seq技術大規(guī)模地分離甜葉菊SNP分子標記;我們采用GATK等軟件進行群體SNP的檢測,共開發(fā)出親本多態(tài)性位點378,285個,并完成子代的基因分型;經過異常堿基檢查、完整度過濾、偏分離標記過濾3個步驟,對檢測的SNP標記篩選;對篩選后得到的高質量遺傳標記,使用Joinmap4.0進行連鎖群劃分,采用最大似然法進行標記排序,排序后使用smooth算法對標記進行校正及推斷,然后去除校正后出現的相似度為1的標記位點,使用Joinmap4.0回歸算法對標記進行排序,采用Kosambi函數計算遺傳距離,構建甜葉菊高密度遺傳圖譜。結果表明,父本圖總標記數為2,521,遺傳距離1,632cM,平均距離0.65cM,最大遺傳間距9.34cM;母本圖總標記數為3,363,遺傳距離1,367cM,平均距離0.41cM,最大遺傳間距6.06cM;整合圖譜連鎖群標記5,839個,總遺傳距離為1,921cM,平均距離為0.33cM,最大遺傳間距為9.35cM。最后再繪制相鄰標記間連鎖關系的熱圖,評價標記間連鎖關系。構建甜葉菊高密度遺傳圖譜,為下一步發(fā)掘與甜菊重要性狀有關的緊密連鎖分子標記、開展分子標記輔助育種技術奠定了基礎,為特種經濟作物的遺傳改良和分子育種開辟一條道路。
【圖文】：

圖 1 RAD 實驗流程Figure 1 The experimental process of RAD3.結果3.1 測序數據統(tǒng)計及質量評估檢測合格的 DNA 文庫進行 Illumina HiseqTM測序，產出原始數據（即 Rawdata 或 Raw reads），結果以 FASTQ 文件格式存儲 （文件名：*.fq）。原始測序數據中會包含接頭信息，低質量堿基，未測出的堿基（以 N 表示），為保證信息分析質量，這些信息會對后續(xù)的信息分析造成很大的干擾，分析前需將這些干擾信息去除掉，，最終得到的數據即為有效數據，我們稱之為 Clean data 或Clean reads。原始數據過濾方法如下：(1) 需要過濾掉含有接頭序列的 reads pair；(2) 當單端測序 read 中含有的 N 的含量超過該條 read 長度比例的 10% 時，需要去除此對 paired reads；(3) 當單端測序 read 中含有的低質量（質量值 Q≤5）堿基數超過該條 read

父本連鎖群標記分布圖
【學位授予單位】：浙江農林大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：S566.9

【參考文獻】

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本文編號：2708363