發(fā)布時間：2024-07-02 22:00

　　同源異型域-亮氨酸拉鏈(homeodomain-leucine zipper,HD-Zip)蛋白在植物生長發(fā)育和適應性抗逆過程中發(fā)揮著至關重要的調(diào)控作用,而密碼子偏好性分析是大麥HD-Zip轉錄因子家族分子進化及功能研究的重要補充。為探究大麥HD-Zip轉錄因子家族密碼子偏好性特征,利用CUSP、CHIPS及CodonW等軟件(程序)對32個大麥HD-Zip基因進行了分析。結果顯示,大麥HD-Zip家族基因偏好以C或G結尾的密碼子,使用頻率最高的密碼子是CUG,最優(yōu)密碼子為AUC和AGG。該家族基因GC3值分布較分散(0.48～0.98),有62.5%的基因ENC值小于35;GC12與GC3的相關性較強,大多數(shù)ENC值頻數(shù)處于0.03～0.11的范圍內(nèi),實際ENC值與預期ENC值相近,證明大麥HD-Zip家族基因密碼子偏好性較弱,且在進化過程中主要受突變壓力的影響。聚類分析表明,基于相對同義密碼子使用度的HD-Zip基因聚類與物種進化關系沒有必然相關性。對大麥HD-Zip家族代表基因 HD-Zip IV 5進行最適受體分析發(fā)現(xiàn),大腸桿菌更適合作為其異源表達受體,遺傳轉化模式植物中水稻更...

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圖1大麥HD-Zip家族基因GC12與GC3、ENC與GC3的相關性

表3各參數(shù)相關性Table3CorrelationofparametersS項目ItemGC1GC2GC3ENCGC1—GC20.3022*—GC30.6745**0.2881*—ENC-0.6628**-0.2896*-....

圖2不同物種HD-Zip基因聚類分析

在物種適應性進化過程中,密碼子形成了一定的偏好使用模式且這種偏好性具有物種和基因差異。已有研究表明,密碼子偏性現(xiàn)象以非隨機的方式廣泛存在于生物體中,這種現(xiàn)象反映了細胞在適應環(huán)境期間的進化事件[31]。密碼子偏性分析是分子進化及基因功能研究的重要補充。本研究通過密碼子偏性特征分析發(fā)....

圖4.2不同物種HD-Zip基因聚類分析

青海大學碩士學位論文第4章大麥HD-Zip基因家族密碼子偏好性分析38圖4.2不同物種HD-Zip基因聚類分析Fig.4.2ClusteranalysisofHD-Zipgenesfromdifferentspecies2.4HvHD-ZipIV5最適受體系統(tǒng)分析密碼子使用頻率是....

本文編號：4000076