發(fā)布時間：2016-12-17 10:18

  本文關(guān)鍵詞：基于二代測序技術(shù)的潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)性大腸癌變異譜分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《中國科學(xué)院北京基因組研究所》 2015年

基于二代測序技術(shù)的潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)性大腸癌變異譜分析

曹丹丹  

【摘要】：潰瘍性結(jié)腸炎(Ulcerative colitis, UC)是一種反復(fù)發(fā)作的慢性腸疾病,由環(huán)境、遺傳以及免疫調(diào)節(jié)因子相互作用的結(jié)果所造成。UC常與強(qiáng)直性脊柱炎(ankylosing spondylitis, AS)伴發(fā)。另外,長期UC患者其大腸癌(colorectal cancer,CRC)的患病風(fēng)險高。遺傳因素影響自身免疫性疾病UC和AS的遺傳易感性,遺傳變異可引發(fā)CRC的發(fā)生。盡管近些年對潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)大腸癌(Ulcerative colitis associated colorectal cancer, UCCRC)的研究已經(jīng)取得大量成果,但是基于二代測序技術(shù)對UCCRC,尤其是不同病理狀態(tài)下的全基因組研究還很少,而不同病理狀態(tài)下的變異研究對于解析UC癌變分子機(jī)制具有重要意義。本研究應(yīng)用二代測序技術(shù),對一例UC合并AS最后發(fā)生癌變的39歲男性患者的血液、炎癥組織以及癌變組織進(jìn)行全基因組和外顯子組測序。在變異位點(diǎn)水平、基因水平以及通路水平對其全基因組特征進(jìn)行基于數(shù)據(jù)庫注釋分析,并通過與漢族人群比較獲得該研究對象的個體遺傳信息特征,最后對其藥物代謝和毒性相關(guān)的基因變異進(jìn)行注釋對其用藥提供指導(dǎo)信息。我們獲得約30X以上全基因組數(shù)據(jù),以及120X以上的全外顯子組數(shù)據(jù)。鑒定到80,377個體細(xì)胞突變,其中18,016為炎癥組織特有,35,244個炎癥與癌癥共有,27,117為癌癥組織特有,以及3,195,782個生殖細(xì)胞突變。一方面,基于突變位點(diǎn)、基因以及信號通路三個水平對本研究對象中的生殖細(xì)胞突變和體細(xì)胞突變進(jìn)行注釋分析。發(fā)現(xiàn)大量UC、AS、CRC相關(guān)生殖細(xì)胞突變,以及CRC相關(guān)體細(xì)胞突變；DNA復(fù)制修復(fù)相關(guān)基因存在大量生殖細(xì)胞突變,其中FEN1的突變可導(dǎo)致DNA修復(fù)功能性不足。另一方面,通過與漢族人群的突變圖譜比較分析發(fā)現(xiàn),本研究對象中突變數(shù)量比正常人群的平均水平高,尤其低頻突變位點(diǎn)的數(shù)量遠(yuǎn)高于人群中個體。同時,在本研究對象中發(fā)現(xiàn)大量短重復(fù)序列突變,其中一些突變存在于已報道的微衛(wèi)星不穩(wěn)性表型的大腸癌基因組中。最后,通過對UC、AS、CRC相關(guān)藥物基因組學(xué)相關(guān)突變注釋,發(fā)現(xiàn)該研究對象由于攜帶ABCB1基因突變,容易對治療UC的環(huán)孢霉素產(chǎn)生抗性,同時CD14和TLR2的純合突變位點(diǎn)提示對’TNF-α抑制因子類藥物無效。另外,CRC藥物相關(guān)突變注釋發(fā)現(xiàn)該患者中含有ABCC1、ADCY、AREG、EGF、XRCC1等基因突變,提示該患者不適宜使用抗EGFR藥物如西妥昔單抗,適合使用氟二氧嘧啶、甲酰四氫葉酸以及鉑類化療藥物。結(jié)果表明本研究對象存在大量生殖細(xì)胞突變提示其對UC、AS以及CRC具有強(qiáng)的遺傳易感性。其DNA修復(fù)系統(tǒng)功能性不足可能導(dǎo)致其為高突變表型或微衛(wèi)星不穩(wěn)定表型,說明DNA修復(fù)系統(tǒng)突變可能參與了UCCRC過程。

【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：中國科學(xué)院北京基因組研究所
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R574.62;R735.34
【目錄】：

下載全文 更多同類文獻(xiàn)

CAJ全文下載

(如何獲取全文？ 歡迎：購買知網(wǎng)充值卡、在線充值、在線咨詢)

CAJViewer閱讀器支持CAJ、PDF文件格式

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 邵巖;丁懷瑩;韓向莉;周冰;;潰瘍性結(jié)腸炎治療進(jìn)展[J];醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐;2014年09期

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前8條

1 李智慧;;美沙拉嗪栓、柳氮磺吡啶栓治療潰瘍性結(jié)腸炎的對比研究[J];航空航天醫(yī)學(xué)雜志;2016年05期

2 肖麗萍;余新沛;劉崗;鐘武裝;蔡敏捷;;美沙拉秦緩釋片維持治療緩解期潰瘍性結(jié)腸炎患者的有效性和安全性[J];現(xiàn)代消化及介入診療;2016年01期

3 趙玉峰;李應(yīng)清;;柳氮磺吡啶栓治療小兒潰瘍性結(jié)腸炎臨床研究[J];世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘;2015年A3期

4 聶勝林;馬素瑩;;不同栓劑治療潰瘍性結(jié)腸炎的臨床效果[J];現(xiàn)代醫(yī)藥衛(wèi)生;2015年15期

5 林曄;;美沙拉嗪栓和美沙拉嗪腸溶片在潰瘍性左半結(jié)腸炎的療效比較[J];臨床醫(yī)學(xué)工程;2015年06期

6 何惠霞;葉全忠;;雙歧三聯(lián)活菌輔助美沙拉嗪治療難治性潰瘍性結(jié)腸炎的臨床觀察[J];中國藥房;2015年12期

7 祁獻(xiàn)芳;柴東燕;樊鵬利;趙紅衛(wèi);秦玉花;;1例對美沙拉秦過敏的潰瘍性結(jié)腸炎患者的用藥分析[J];中國當(dāng)代醫(yī)藥;2014年36期

8 郭翠濱;李明;;防御素與腸道疾病的關(guān)系[J];廣東藥學(xué)院學(xué)報;2014年06期

【二級參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李良霄;劉彥潔;;普伐他汀治療潰瘍性結(jié)腸炎的療效研究[J];臨床合理用藥雜志;2013年24期

2 楊曉;邱輝忠;林國樂;吳斌;;從外科角度思考潰瘍性結(jié)腸炎治療策略[J];中國實(shí)用外科雜志;2013年07期

3 曹江;楊娜;;奧美拉唑治療潰瘍性結(jié)腸炎的療效觀察[J];中國醫(yī)療前沿;2013年11期

4 楊興友;張育華;王光西;;益生菌治療潰瘍性結(jié)腸炎研究進(jìn)展[J];瀘州醫(yī)學(xué)院學(xué)報;2012年05期

5 陸曉娟;盛劍秋;李恕軍;范如英;王繼恒;楊欣艷;付蕾;王曉偉;李世榮;;英夫力西單抗治療難治性潰瘍性結(jié)腸炎[J];胃腸病學(xué)和肝病學(xué)雜志;2012年08期

6 李懿璇;李世榮;李俊霞;楊欣艷;王化虹;;英夫利昔單抗-類克在激素抵抗及激素依賴潰瘍性結(jié)腸炎治療中的應(yīng)用[J];世界華人消化雜志;2012年21期

7 孟華輝;;微生態(tài)制劑治療潰瘍性結(jié)腸炎的臨床療效[J];中國現(xiàn)代醫(yī)生;2012年08期

8 魏思忱;鄭國啟;張秀剛;田樹英;宋慧;姜紅玉;陳霞;;微生態(tài)制劑輔助治療潰瘍性結(jié)腸炎的療效與安全性研究[J];中國微生態(tài)學(xué)雜志;2011年11期

9 劉靜;韓冬梅;薛梅;朱玲;王志東;閆洪敏;郭子寬;王恒湘;;臍帶間充質(zhì)干細(xì)胞輸注治療頑固性潰瘍性結(jié)腸炎[J];組織工程與重建外科雜志;2011年05期

10 柳汝明;吳斌;趙雨晉;唐堯;;美沙拉嗪與柳氮磺吡啶比較治療潰瘍性結(jié)腸炎療效與安全性的系統(tǒng)評價[J];中國循證醫(yī)學(xué)雜志;2011年02期

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 高梅鷟,薛東波,趙明,李愛東,呂洪光,李泮泉,劉淑德;83例大腸癌多藥耐藥基因的檢測[J];中國現(xiàn)代醫(yī)學(xué)雜志;2001年12期

2 李俊,曹樺,吳寧,孟紅,汪永壽,陳玉祥,程雄;大腸癌術(shù)后復(fù)發(fā)與血管內(nèi)皮細(xì)胞生長因子及其受體表達(dá)的關(guān)系[J];華西醫(yī)學(xué);2002年04期

3 楊磊,丁彥青,張進(jìn)華;廣東地區(qū)2 037例大腸癌臨床病理分析[J];第一軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報;2003年11期

4 黃寧霞,胡建群;大腸癌637例臨床病理分析[J];九江醫(yī)學(xué);2003年01期

5 高梅鷟,謝向臣,幺春艷,呂洪光;復(fù)發(fā)及多源發(fā)大腸癌多藥耐藥基因檢測[J];大腸肛門病外科雜志;2004年04期

6 張茂;德力格爾圖;;血管內(nèi)皮生長因子與大腸癌的研究進(jìn)展[J];內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)雜志;2007年09期

7 邵春紅;盧志明;;大腸癌[J];山東醫(yī)藥;2008年48期

8 費(fèi)伯健;吳露露;周士福;齊曉薇;;胰島素樣生長因子Ⅰ、胰島素樣生長因子Ⅰ受體在大腸癌中的表達(dá)及其意義[J];生物醫(yī)學(xué)工程與臨床;2009年06期

9 肖著軍;許岸高;;白細(xì)胞介素-8與大腸癌關(guān)系的研究進(jìn)展[J];廣東醫(yī)學(xué);2012年22期

10 馬鴻基;;大腸癌社會醫(yī)學(xué)初探[J];中國社會醫(yī)學(xué);1989年05期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 郭善禹;杜寬航;卜文;;細(xì)胞外基質(zhì)金屬蛋白酶誘導(dǎo)因子在大腸癌中的表達(dá)意義[A];2001'全國腫瘤外科學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2001年

2 鄭樹;;我國大腸癌易感人群研究[A];面向21世紀(jì)的科技進(jìn)步與社會經(jīng)濟(jì)發(fā)展（下冊）[C];1999年

3 肖冰;王媛媛;張亞歷;;大腸癌干細(xì)胞作用相關(guān)基因及信號通路的篩選鑒定[A];第二十三屆全國中西醫(yī)結(jié)合消化系統(tǒng)疾病學(xué)術(shù)會議暨消化疾病診治進(jìn)展學(xué)習(xí)班論文匯編[C];2011年

4 崔焌輝;陳棟;楊振宇;;細(xì)胞粘附分子在大腸癌組織中表達(dá)及其臨床意義[A];第十一次全國中西醫(yī)結(jié)合大腸肛門病學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2006年

5 鄭樹;蔡心涵;曹江;耿禮義;鄭雷;張顏明;施正政;;人新的大腸癌負(fù)相關(guān)基因的研究[A];第六次全國大腸癌會議暨中日韓大腸癌會議論文匯編[C];1998年

6 耿敬姝;王艷穎;馮占軍;趙玉蘭;趙家宏;;大腸癌細(xì)胞增殖與P~(16)表達(dá)關(guān)系的研究[A];2000全國腫瘤學(xué)術(shù)大會論文集[C];2000年

7 雷雯;周錫庚;郁寶銘;陳曉耕;王清水;;血管內(nèi)皮生長因子和血管生成與大腸癌發(fā)展的關(guān)系[A];2001'全國腫瘤外科學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2001年

8 丁杰;;血管內(nèi)皮細(xì)胞生長因子與大腸癌治療[A];2007年貴州省醫(yī)學(xué)會外科分會學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2007年

9 申洪;;大腸癌組織結(jié)構(gòu)的體視學(xué)診斷參數(shù)研究[A];首屆粵港生物物理學(xué)術(shù)研討會論文集[C];1999年

10 許紅民;王強(qiáng);白雪娟;鐘定榮;曹秀堂;張金萍;丁彥青;姚開泰;;大腸癌差異表達(dá)基因的篩查[A];中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會2005年學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2005年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 記者 施嘉奇;[N];文匯報;2010年

2 記者 衣曉峰 靳萬慶 通訊員 李曉麗;[N];中國中醫(yī)藥報;2003年

3 何苗苗 蔣卓勤;[N];中國中醫(yī)藥報;2003年

4 通訊員 方序 周煒 記者 宦建新;[N];科技日報;2014年

5 記者 張燦燦 特約記者 陸桂芳 通訊員 方序;[N];健康報;2014年

6 記者 張樂;[N];新華每日電訊;2014年

7 衣曉峰 李曉麗;[N];健康報;2003年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉陽;長鏈非編碼RNA DANCR在大腸癌中的表達(dá)及其功能研究[D];山東大學(xué);2016年

2 曹丹丹;基于二代測序技術(shù)的潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)性大腸癌變異譜分析[D];中國科學(xué)院北京基因組研究所;2015年

3 邱云平;基于色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的大腸癌代謝組學(xué)研究[D];上海交通大學(xué);2008年

4 馮曉瑩;胰島素樣生長因子系統(tǒng)在大腸癌的表達(dá)及意義研究[D];大連醫(yī)科大學(xué);2007年

5 馬怡茗;大腸癌發(fā)生發(fā)展及轉(zhuǎn)移相關(guān)分子的篩選和生物學(xué)功能研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2010年

6 陳遠(yuǎn)光;人大腸癌組織蛋白質(zhì)組二維凝膠電泳技術(shù)的建立及應(yīng)用[D];中南大學(xué);2003年

7 畢新宇;大腸癌病理學(xué)特征與預(yù)后的關(guān)系及硒蛋白-P在大腸癌組織中表達(dá)及其臨床意義[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2004年

8 王媛媛;大腸癌干細(xì)胞基因表達(dá)譜特點(diǎn)及其信號通路的篩選鑒定[D];南方醫(yī)科大學(xué);2011年

9 葉霖;單�；�甘油脂肪酶在大腸癌中的作用及其作用機(jī)制的初步探討[D];華中科技大學(xué);2011年

10 龔磊;反義RNA技術(shù)下調(diào)多胺代謝關(guān)鍵酶抑制大腸癌細(xì)胞增殖及分子機(jī)理研究[D];山東大學(xué);2007年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 唐光明;p53及其上游基因ATM、下游基因PUMA在大腸癌中的表達(dá)及意義[D];川北醫(yī)學(xué)院;2015年

2 李敏靜;青年女性大腸癌的臨床病理特點(diǎn)分析[D];浙江大學(xué);2009年

3 鄭萬磊;炎性標(biāo)志物表達(dá)水平與大腸癌進(jìn)展的相關(guān)性研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2010年

4 鄒瓔;轉(zhuǎn)化生長因子β_1及其Ⅱ型受體在大腸癌中的表達(dá)[D];浙江大學(xué);2001年

5 閻麗;大腸癌線粒體DNA突變的檢測與分析[D];第一軍醫(yī)大學(xué);2005年

6 牛劍祥;生存素及血管內(nèi)皮生長因子在大腸癌組織中的表達(dá)及臨床意義[D];內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院;2007年

7 趙鵬;基質(zhì)金屬蛋白酶-2及其組織抑制劑與大腸癌侵襲和轉(zhuǎn)移的關(guān)系研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2004年

8 葉廣坡;上皮細(xì)胞黏附分子在大腸癌中的表達(dá)及臨床意義的研究[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2007年

9 尹福忠;脂聯(lián)素在大腸癌中的表達(dá)及意義[D];山西醫(yī)科大學(xué);2007年

10 梅耀玲;脂聯(lián)素與核轉(zhuǎn)錄因子-κB在大腸癌組織中的表達(dá)及意義[D];華中科技大學(xué);2010年

  本文關(guān)鍵詞：基于二代測序技術(shù)的潰瘍性結(jié)腸炎相關(guān)性大腸癌變異譜分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：216532