發(fā)布時間：2020-12-15 12:17

　　魚類的滲透調節(jié)是一項重要的動態(tài)平衡過程,對魚類的生存具有極其重要的意義。但到目前為止,關于魚類鹽度適應機制的研究進展仍處于起步階段。松江鱸（Trachidermus fasciatus）為河海洄游性魚類,適鹽范圍廣,本研究擬選擇松江鱸作為研究對象,開展魚類鹽度適應機制的研究。本論文首次開展了松江鱸魚的全基因組測序,利用生物信息學技術對其進行了組裝注釋,評估了基因組質量,分析了基因組結構、蛋白編碼基因構成及其特征,從比較基因組角度,對松江鱸基因組中發(fā)生顯著擴張與收縮基因家族類別和受正選擇基因進行了鑒定和功能解析,篩選出鹽度耐受相關的基因,為進一步研究其鹽度適應的基因組學機制奠定基礎;同時開展了鹽度脅迫下松江路各組織的轉錄組學分析,獲得了松江鱸豐富的轉錄組信息,篩選和鑒定了鹽度適應相關候選基因,并對既發(fā)生擴張與收縮或受到正選擇,又在鹽度脅迫下差異表達的鹽度耐受關鍵基因進行了進一步的解析,主要研究結果如下:1.采用de novo測序技術對松江鱸基因組序列進行測定,通過Wtdbg2軟件對基因組序列進行組裝,獲得了完整的松江鱸基因組序列。組裝獲得松江鱸的基因組大小為556Mb,Contig N5... 

【文章來源】：浙江海洋大學浙江省

【文章頁數(shù)】：131 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

松江鱸基因組單堿基質量分布圖

第二章松江鱸全基因組序列分析及鹽度耐受基因篩選192.2.1.2Reads總體質量分布利用Fastqc對松江鱸基因組測序的Reads總體質量分布進行評估，結果如圖2.2所示，reads整體質量值集中在高分區(qū)域（≥28），其中分值為36的reads數(shù)目最多，且在低分區(qū)域沒有觀察的明顯的峰值，證明原始數(shù)據(jù)質量良好。圖2.2松江鱸基因組測序Reads總體質量分布統(tǒng)計圖注:橫坐標表示的是質量分值，縱坐標表示的是每個分值對應的reads數(shù)目。Figure2.2DistributionstatisticsoftheoverallqualitydistributionoftheReadsofTrachidermusfasciatusgenomesequencing.Note:Theabscissaindicatesthepositionofthebase,andtheordinateindicatesthepercentagecontentofthebase.Thebrokenlinesindifferentcolorsrepresentthepercentageofdifferentbases,andthered,blue,green,andgraylinesrepresentthebasesT,C,A,andG,respectively.2.2.1.3Reads堿基分布利用Fastqc對松江鱸基因組測序Reads堿基分布狀況進行評估，結果如圖2.3所示，A、T、C、G四種堿基在松江鱸基因組測序Reads中的分布整體比較均勻，折線A與T平行且接近，折線G與C平行且接近，說明AT之間堿基含量相近，GC之間堿基含量相近。其中，A和T的總含量（～60%）略高于G和C總含量（～40%），與其它物種基因組觀測的結果類似。但在圖2.3中我們也觀察到四種堿基分布折線前端均發(fā)生了無規(guī)則的波動，堿基組成分布比較雜。這可能是因為在測序時，測序儀剛開始狀態(tài)不穩(wěn)定，且在reads5’-端有構建文庫時引入的引物，其序列固定，導致結果測序結果會出現(xiàn)難以避免的頻率偏差。根據(jù)分析結果，我們將切除reads5’-端5-10bp的序列，以保證后續(xù)分析的數(shù)據(jù)質量。

第二章松江鱸全基因組序列分析及鹽度耐受基因篩選20圖2..3松江鱸基因組測序Reads的堿基分布統(tǒng)計圖注：橫坐標表示的是堿基的位置，縱坐標表示的是堿基的百分比含量。不同顏色的折線表示不同堿基的組成百分比，紅色、藍色、綠色、灰色線條分別代表堿基T、C、A、G。Figure2..3BasesdistributionstatisticsforeachpositionoftheReadsofTrachidermusfasciatusgenomesequencing.Note:Theabscissaindicatesthepositionofthebase,andtheordinateindicatesthepercentagecontentofthebase.Thebrokenlinesindifferentcolorsrepresentthepercentageofdifferentbases,andthered,blue,green,andgraylinesrepresentthebasesT,C,A,andG,respectively.2.2.1.4Reads平均G、C含量分布利用Fastqc對松江鱸基因組測序Reads平均G、C含量分布進行統(tǒng)計，結果如圖2.4所示，由圖中可知，基因組測序原始數(shù)據(jù)的平均G、C含量在43%左右。實際分布曲線為單峰，表示測序樣品無污染，與理論分布曲線相比，峰值高度無明顯差異，兩者的峰的整體坡度情況沒有明顯差異，說明測序文庫沒有被污染或是存在部分reads構成的子集偏差，序列整體質量較好。圖2.4松江鱸基因組測序Reads平均GC含量分布圖

【參考文獻】：
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本文編號：2918250