從基因組水平分析鴨疫里默氏桿菌強弱菌株間的差異基因
發(fā)布時間：2020-12-19 03:14
鴨疫里默氏桿菌感染（Riemerella anatipestifer infection）是家鴨、鵝、火雞及其他家禽和野禽的一種接觸性傳染病,又稱為鴨傳染性漿膜炎。該病呈急性或慢性敗血癥形式,其特征是纖維素性心包炎、肝周炎、氣囊炎、干酪性輸卵管炎和腦膜炎。因該病引起病鴨死亡率高、消瘦、胴體淘汰、品質(zhì)下降、疾病治療等造成巨大的經(jīng)濟損失。目前已有5株鴨疫里默氏桿菌的全基因組序列在Gen Bank上公開,其基因組編碼基因約為2000個,但對其致病機制和毒力相關(guān)基因還知之甚少。鑒定強毒株與弱毒株的差異基因?qū)τ诜治鲽喴呃锬蠗U菌菌株遺傳進化、毒力變異和分子流行病學(xué)研究等方面具有重要的意義。本實驗采用抑制性差減雜交（SSH）和全基因組測序的方法,分析了鴨疫里默氏桿菌強致病性菌株HXb2與弱毒力菌株NJ-1間的差異基因,為篩選新的毒力相關(guān)基因等奠定了基礎(chǔ)。一、應(yīng)用抑制性差減雜交技術(shù)篩選HXb2和NJ-1株的差異基因以HXb2株基因組為tester,以NJ-1株基因組為driver,構(gòu)建了兩株細菌基因組間的抑制性差減文庫,共篩選到了96個陽性克隆,經(jīng)過dot-blot雜交和PCR驗證后鑒定到52個強弱...
【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】：53 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【文章目錄】：
附件
摘要
Abstract
英文縮略表
第一章 引言
1.1 鴨疫里默氏桿菌研究進展
1.1.1 病原概述
1.1.2 血清型
1.1.3 抗生素耐藥性
1.2 毒力因子的研究進展
1.2.1 OmpA
1.2.2 TbdR1
1.2.3 SIP
1.2.4 TonB1和TonB2
1.2.5 其他潛在毒力因子
1.3 抑制差減雜交技術(shù)及其應(yīng)用的研究進展
1.3.1 SSH的技術(shù)流程
1.3.2 SSH的注意事項
1.3.3 SSH在細菌毒力基因研究中的應(yīng)用
1.4 展望
第二章 應(yīng)用抑制性差減雜交技術(shù)篩選鴨疫里默氏桿菌強弱毒株的差異基因
2.1 材料
2.1.1 菌株和培養(yǎng)條件
2.1.2 工具酶與試劑
2.1.3 培養(yǎng)基及緩沖液配置
2.1.4 儀器
2.2 方法
2.2.1 HXb2株和NJ-1 株對雛鴨半數(shù)致死量的測定
2.2.2 細菌基因組的提取
2.2.3 基因組的酶切與純化
2.2.4 接頭的連接
2.2.5 兩輪雜交
2.2.6 兩輪PCR反應(yīng)
2.2.7 差減文庫的構(gòu)建
2.2.8 地高辛標記探針
2.2.9 dot-blot篩選
2.2.10 測序
2.3 實驗結(jié)果
2.3.1 HXb2株和NJ-1 株的LD50
2.3.2 酶切效率
2.3.3 連接效率分析
2.3.4 差異片段的多樣性鑒定
2.3.5 強弱菌株差異片段的篩選
2.3.6 差異基因片段的序列分析
2.4 討論
第三章 采用基因組測序來分析鴨疫里默氏桿菌強弱毒株的差異基因
3.1 材料
3.1.1 菌株
3.1.2 試劑與軟件
3.2 方法
3.2.1 提取基因組DNA
3.2.2 基因組文庫的構(gòu)建及測序
3.2.3 基因組注釋
3.2.4 比較基因組學(xué)分析
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 鴨疫里默氏桿菌HXb2基因組分析
3.3.2 鴨疫里默氏桿菌HXb2基因組框架圖分析
3.3.3 HXb2和NJ-1 基因組之間差異基因的分析
3.3.4 HXb2和NJ-1 基因組的進化分析
3.3.5 HXb2和NJ-1 基因組的共線性分析
3.4 討論
第四章 結(jié)論
參考文獻
致謝
作者簡歷
本文編號：2925148
【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】：53 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【文章目錄】：
附件
摘要
Abstract
英文縮略表
第一章 引言
1.1 鴨疫里默氏桿菌研究進展
1.1.1 病原概述
1.1.2 血清型
1.1.3 抗生素耐藥性
1.2 毒力因子的研究進展
1.2.1 OmpA
1.2.2 TbdR1
1.2.3 SIP
1.2.4 TonB1和TonB2
1.2.5 其他潛在毒力因子
1.3 抑制差減雜交技術(shù)及其應(yīng)用的研究進展
1.3.1 SSH的技術(shù)流程
1.3.2 SSH的注意事項
1.3.3 SSH在細菌毒力基因研究中的應(yīng)用
1.4 展望
第二章 應(yīng)用抑制性差減雜交技術(shù)篩選鴨疫里默氏桿菌強弱毒株的差異基因
2.1 材料
2.1.1 菌株和培養(yǎng)條件
2.1.2 工具酶與試劑
2.1.3 培養(yǎng)基及緩沖液配置
2.1.4 儀器
2.2 方法
2.2.1 HXb2株和NJ-1 株對雛鴨半數(shù)致死量的測定
2.2.2 細菌基因組的提取
2.2.3 基因組的酶切與純化
2.2.4 接頭的連接
2.2.5 兩輪雜交
2.2.6 兩輪PCR反應(yīng)
2.2.7 差減文庫的構(gòu)建
2.2.8 地高辛標記探針
2.2.9 dot-blot篩選
2.2.10 測序
2.3 實驗結(jié)果
2.3.1 HXb2株和NJ-1 株的LD50
2.3.2 酶切效率
2.3.3 連接效率分析
2.3.4 差異片段的多樣性鑒定
2.3.5 強弱菌株差異片段的篩選
2.3.6 差異基因片段的序列分析
2.4 討論
第三章 采用基因組測序來分析鴨疫里默氏桿菌強弱毒株的差異基因
3.1 材料
3.1.1 菌株
3.1.2 試劑與軟件
3.2 方法
3.2.1 提取基因組DNA
3.2.2 基因組文庫的構(gòu)建及測序
3.2.3 基因組注釋
3.2.4 比較基因組學(xué)分析
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 鴨疫里默氏桿菌HXb2基因組分析
3.3.2 鴨疫里默氏桿菌HXb2基因組框架圖分析
3.3.3 HXb2和NJ-1 基因組之間差異基因的分析
3.3.4 HXb2和NJ-1 基因組的進化分析
3.3.5 HXb2和NJ-1 基因組的共線性分析
3.4 討論
第四章 結(jié)論
參考文獻
致謝
作者簡歷
本文編號：2925148
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