發(fā)布時(shí)間：2024-06-08 03:34

　　近年來在醫(yī)療行業(yè)、農(nóng)業(yè)及畜牧養(yǎng)殖業(yè)大量投入使用的抗生素(antibiotics)長期混合暴露于環(huán)境中將會對水生環(huán)境帶來污染最終威脅到人類的健康,它們種類繁多且混合時(shí)相互作用機(jī)理復(fù)雜,通過實(shí)驗(yàn)難以對其毒性進(jìn)行預(yù)測和評價(jià)。本文旨在采用計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)研究恩諾沙星(enrofloxacin,ENR)、鹽酸金霉素(chlortetracycline,CTC)、甲氧芐啶(trimethoprim,TMP)、氯霉素(chloramphenicol,CMP)和紅霉素(erythromycin,ETM)五種抗生素的單一及二元混合物對青海弧菌(Vibrio vulnificus,Q67)的毒性作用機(jī)理和生態(tài)風(fēng)險(xiǎn)評估。(1)以同源建模技術(shù)建立Q67熒光素酶的三維晶體結(jié)構(gòu),通過分子動(dòng)力學(xué)模擬優(yōu)化后α、β亞基拉氏圖中處于允許區(qū)域的氨基酸為100%,Verify-3D氨基酸評分高于0.2的占比分別為91.48%和91.98%。(2)通過分子對接和分子動(dòng)力學(xué)研究配體-受體的結(jié)合模式,范德華力為五個(gè)復(fù)合物體系的結(jié)合自由能提供了最主要的貢獻(xiàn),因此抗生素與熒光素酶結(jié)合的主導(dǎo)因素是形狀補(bǔ)償;分子結(jié)構(gòu)中處于活性口袋區(qū)域外的二...

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1技術(shù)路線圖

桂林理工大學(xué)碩士畢業(yè)論文81.5.3技術(shù)路線圖1.1技術(shù)路線圖1.5.4創(chuàng)新點(diǎn)（1）結(jié)合分子對接與分子動(dòng)力學(xué)模擬研究抗生素與Q67熒光素酶的結(jié)合模式，通過結(jié)合自由能分解比較分析五個(gè)抗生素的活性位點(diǎn)與關(guān)鍵殘基貢獻(xiàn)揭示其毒性差異。（2）建立五種抗生素二元混合物不同毒性狀態(tài)（暴露時(shí)間和....

圖3.1模板蛋白晶體結(jié)構(gòu)

乳酸菌噬菌體阻遏蛋白（6TRI）突觸球菌雙磷酸羧化酶（1RBL）

圖3.25TCL、3FGC-A鏈、1RBL-A鏈與目標(biāo)蛋白α鏈的序列對比及結(jié)構(gòu)預(yù)測

桂林理工大學(xué)碩士畢業(yè)論文20圖3.25TCL、3FGC-A鏈、1RBL-A鏈與目標(biāo)蛋白α鏈的序列對比及結(jié)構(gòu)預(yù)測3.2.4分子動(dòng)力學(xué)優(yōu)化結(jié)果Modeller9.23軟件的PDF函數(shù)和POPE程序得到的雖然是打分最優(yōu)構(gòu)象，但是所有目標(biāo)蛋白結(jié)構(gòu)都是基于與模板蛋白的相似性預(yù)測得到的，在建....

圖3.4α亞基與β亞基在45ns平衡模擬中的RMSD

桂林理工大學(xué)碩士畢業(yè)論文21子動(dòng)力學(xué)模擬，本研究運(yùn)用GROMACS5.1.4的“AMBER-ILDN99”力場作為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的優(yōu)化力場，經(jīng)過20000步最陡下降法使其結(jié)構(gòu)達(dá)到能量最小化，系綜平衡使其在100ps內(nèi)溫度到達(dá)300K，在下個(gè)100ps內(nèi)壓力達(dá)到一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)大氣壓，使得體系....

本文編號：3991392