發(fā)布時(shí)間：2024-06-11 03:23

　　目的獲得三叉苦Melicope pteleifolia轉(zhuǎn)錄組信息特征。方法以三叉苦幼苗根、莖、葉混合樣品為對(duì)象,采用二代高通量測(cè)序平臺(tái)Illumina HiSeq^TM 2000進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序并進(jìn)行系統(tǒng)的生物信息學(xué)分析。結(jié)果轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析共獲得47 045 040條高質(zhì)量序列(clean reads),Trinity de novo組裝獲得67 956條unigenes,平均長(zhǎng)度787 nt。BLAST分析顯示分別有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)條unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)得到注釋信息,參與生物過(guò)程、細(xì)胞組分和分子功能3個(gè)GO類(lèi)別的47個(gè)小組,共9807條unigenes注釋到130個(gè)KEGG代謝通路中,篩選到19條次生代謝通路,KOG功能分類(lèi)分析獲得25個(gè)不同的KOG功能類(lèi)群。預(yù)測(cè)共有高等植物轉(zhuǎn)錄因子56個(gè)家族;借助MISA軟件發(fā)現(xiàn)7 748個(gè)SSRs,三堿基重復(fù)SSRs數(shù)量最豐富,有4 117個(gè),出現(xiàn)頻率為53.1%,五堿基重復(fù)SS...

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圖1三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes長(zhǎng)度分布

采用二代高通量測(cè)序平臺(tái)IlluminaHiSeqTM2000對(duì)三叉苦小苗根莖葉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，共得到47728770條rawreads，過(guò)濾產(chǎn)生了47045040條cleanreads，包含6937000904個(gè)核苷酸信息，Q20（堿基≥20%）為98.57%....

圖2三叉苦轉(zhuǎn)錄組reads在unigenes上的覆蓋統(tǒng)計(jì)

圖1三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes長(zhǎng)度分布2.2三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes功能注釋

圖3三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenes與NR數(shù)據(jù)庫(kù)匹配前10個(gè)物種分布

利用BLASTx將組裝出來(lái)的unigenes序列與NR數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)后，取每個(gè)unigenes在NR庫(kù)中比對(duì)結(jié)果最好（E值最低）的一條序列為對(duì)應(yīng)同源序列（如有并列，取第1條），確定同源序列所屬物種，展示同源序列數(shù)量最多的前10個(gè)物種（圖3）。在相似序列匹配度較高的物種中，甜橙Ci....

圖4三叉苦轉(zhuǎn)錄組unigenesKOG功能分類(lèi)圖

在三叉苦根莖葉轉(zhuǎn)錄組中，共有16566條unigenes被注釋到參與生物過(guò)程、細(xì)胞組分和分子功能3個(gè)GO類(lèi)別47個(gè)小組（圖5）。參與的生物過(guò)程主要分布在代謝過(guò)程（metabolicprocess）、細(xì)胞過(guò)程（cellularprocess）、單一有機(jī)體（single-org....

本文編號(hào)：3992330