發(fā)布時間：2024-10-04 22:34

　　 為探討?zhàn)�瓜轉(zhuǎn)錄組功能基因信息,對福州芋瓠瓠瓜葉片進行了Illumina Hiseqxten高通量無參轉(zhuǎn)錄組測序分析,共獲得664 252 268個reads片段,經(jīng)序列組裝共計獲得87 518個Unigene,總長度高達91 405 320 bp,76.03%的Unigene長度主要集中在1～1 000 bp。功能注釋結(jié)果顯示,有55 725個Unigene在Nr數(shù)據(jù)庫獲得注釋,注釋到葫蘆科的Unigene數(shù)量最多,有26 354個,占總Unigene的47.29%。GO數(shù)據(jù)庫注釋到18 278個Unigene,可以分為分子功能、細胞組分和生物學(xué)過程共三大類的55個亞類。COG數(shù)據(jù)庫中有41 635個Unigene獲得注釋,分布在信息存儲與處理、細胞過程和信號傳遞、新陳代謝、無特征基因四大類的25個功能區(qū)域,其中參與氨基酸運輸和代謝的Unigene數(shù)量最多。KEGG數(shù)據(jù)庫中有24 770個Unigene獲得注釋,涉及到220個KEGG代謝途徑。SSR位點檢索結(jié)果顯示,包含SSR序列的8 617條Unigene中存在11 029個SSR位點,發(fā)生頻率為9.846%。本研究結(jié)果為進一步深入...

【文章頁數(shù)】：15 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗材料
    1.2 RNA的提取純化
    1.3 轉(zhuǎn)錄組測序及組裝
    1.4 序列注釋和功能分類
    1.5 轉(zhuǎn)錄組SSR位點分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)組裝分析
    2.2 瓠瓜Unigene的功能注釋
        2.2.1 Nr功能注釋
        2.2.2 GO功能分析
        2.2.3 COG功能分類
        2.2.4 KEGG代謝通路分析
    2.3 瓠瓜轉(zhuǎn)錄組的SSR位點分析
3 討論
4 結(jié)論



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