基于ResNet與DenseNet的蛋白質(zhì)接觸圖預(yù)測(cè)研究
【文章頁(yè)數(shù)】:58 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖1.1?1990-2019年PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)數(shù)量增長(zhǎng)圖??
與DenseNet的蛋白質(zhì)接觸圖預(yù)測(cè)研究??180000?-j??160000?■蛋白質(zhì)總數(shù)量:??]4〇〇〇〇?■已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)數(shù)量??^?120000????100000?■??^?80000??^?60000??栽?40000?,?_||??20000?;?Ll?L?i?....
圖2.1蛋白質(zhì)接觸圖??
的定義。它們指出蛋白質(zhì)接觸圖l3]中的接觸是指兩個(gè)殘基的P碳原子(甘氨酸為a??碳原子)之間的歐式距離小于8A。接觸可以分為三種類別:1)長(zhǎng)接觸:兩個(gè)殘基??之間的距離大于24個(gè)殘基;2)中接觸:兩個(gè)殘基之間的距離在12?23個(gè)殘基之??間;3)短接觸:兩個(gè)殘基之間的距離在6?1....
圖2.3?HHblits生成MSA流程圖??
蛋白質(zhì)接觸圖預(yù)測(cè)研究??驟為:第一,用提交的序列在數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行搜索;第二,對(duì)初始的結(jié)果進(jìn)行多序??列比對(duì),構(gòu)建初始PSSM;第三,用PSSM作為查詢序列,搜索數(shù)據(jù)庫(kù),發(fā)現(xiàn)較??遠(yuǎn)的相似性序列,并給出E-value;第四,構(gòu)建新的PSSM,重復(fù)步驟3。這個(gè)過(guò)??程不斷迭代,直到?jīng)]有....
圖2.4?sigmoid函數(shù)圖??
浙江理工大學(xué)碩士學(xué)位論文?基于ResNet與DenseNet的蛋白質(zhì)接觸圖預(yù)測(cè)研究??2.3.1激活函數(shù)??激活函數(shù)是深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的重要組成部分,其主要是為神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型引入非??線性的特性,使網(wǎng)絡(luò)模型具有非線性的建模能力。目前常用的激活函數(shù)有sigmoid??函數(shù)、tanh函數(shù)、....
本文編號(hào):3982165
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