湖北和廣西辣椒脈斑駁病毒的檢測及遺傳多樣性分析
發(fā)布時間：2024-12-29 21:49
【目的】研究辣椒脈斑駁病毒(Pepper veinal mottle virus,PVMV)的分布及遺傳變異,為明確該病毒在我國的流行擴散分子機制提供理論依據(jù)�！痉椒ā坷锰禺愋砸锓崔D(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)檢測從湖北宜昌及廣西南寧和百色采集的48份疑似感染PVMV的辣椒樣本;采用常規(guī)Sanger測序測定PCR產(chǎn)物序列,序列采用MEGA 5.0構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進化樹,采用RDP等算法分析其可能的重組事件;采用DnaSP v5分析病毒株系不同群體之間的基因流及基因差異�！窘Y(jié)果】從48份辣椒樣本中檢測到5份樣本被PVMV侵染,檢出率10.42%。基因同源性比對分析結(jié)果表明,測定的PVMV湖北和廣西分離物CP基因序列同源性在97.00%以上,與其他地區(qū)分離物的同源性為91.73%～98.78%。系統(tǒng)發(fā)育分析表明,湖北(YC)和廣西(NN)PVMV分離物與我國臺灣PVMV分離物的親緣關(guān)系最近。重組分析表明,PVMV廣西分離物NN10有2個重組事件�！窘Y(jié)論】湖北和廣西辣椒的PVMV檢測結(jié)果表明,該病毒已擴散至湖北和廣西;基因突變可能是PVMV湖北分離物遺傳變異的主要方式之一;而基因重組和基因突變可...
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本文編號：4021334
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圖1 PVMV特異性RT-PCR擴增凝膠電泳結(jié)果
將PVMV分離物CP基因序列分為我國分離物群（I亞群）和國外分離物群（II亞群）兩個群體，采用DnaSPv5分析兩個群體間CP基因的變異及基因流。兩個群體CP基因的基因變異分析結(jié)果（表4）表明，我國PVMV分離物群體CP基因的分離位點數(shù)量（Ss）、平均差異位點數(shù)（k）和核苷酸多....
圖2 湖北和廣西PVMV分離物與其他地區(qū)PVMV分離物的CP基因序列系統(tǒng)發(fā)育進化樹
圖1PVMV特異性RT-PCR擴增凝膠電泳結(jié)果3討論
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