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結(jié)核分枝桿菌pyrF基因的生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2024-05-19 08:12
  目的應(yīng)用生物信息學(xué)軟件分析預(yù)測結(jié)核分枝桿菌乳清酸核苷-5’-磷酸脫羧酶(orotidine 5’-monophosphate decarboxylase,OMPdecase)的結(jié)構(gòu)與生物學(xué)特性。方法采用ProtParam,ProtScale,TMPred,SignalP4.1,NetNGlyc1.0,Netphos3.1,SOPMA,SWISS-MODEL和STRING等生物信息學(xué)軟件對結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium Tuberculosis)H37Rv的pyrF基因及其編碼蛋白OMPdecase的理化性質(zhì)、信號肽、糖基化位點(diǎn)、磷酸化位點(diǎn)、二級結(jié)構(gòu)、三維結(jié)構(gòu)和蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)等進(jìn)行預(yù)測分析。結(jié)果預(yù)測結(jié)核分枝桿菌pyrF基因編碼的OMPdecase為相對分子質(zhì)量27.4×103的富含丙氨酸、甘氨酸和纈氨酸的穩(wěn)定疏水性膜蛋白或胞漿蛋白,不含信號肽,且磷酸化程度較高。α螺旋和無規(guī)卷曲為OMPdecase的主要二級結(jié)構(gòu)元件,分別占51.09%和27.37%。同源建模分析顯示D93-K95-D98-I99-T102位于活性中心區(qū)域內(nèi)。結(jié)論生物信息學(xué)方法預(yù)測結(jié)...

【文章頁數(shù)】:7 頁

【部分圖文】:

圖1OMPdecase的氨基酸組成Fig.1Aminoacidcompositionoforotidine5'-monophosphatedecarboxylase

圖1OMPdecase的氨基酸組成Fig.1Aminoacidcompositionoforotidine5'-monophosphatedecarboxylase

點(diǎn)為4.99,丙氨酸(Ala)、甘氨酸(Gly)和纈氨酸(Val)含量分別占21.2%、12.8%和10.6%,不含吡咯賴氨酸(Pyl)和硒半胱氨酸(Sec)(圖1)。其預(yù)測半衰期在體外的哺乳動(dòng)物網(wǎng)織紅細(xì)胞中為30h,在酵母菌和大腸桿菌中分別>20h和>10h;不穩(wěn)定系數(shù)(ins....


圖4OMPdecase磷酸化位點(diǎn)分析Fig.4Predictedphosphorylatedsitesoforotidine5'-monophosphatedecarboxylase

圖4OMPdecase磷酸化位點(diǎn)分析Fig.4Predictedphosphorylatedsitesoforotidine5'-monophosphatedecarboxylase

0.28,表明所得結(jié)構(gòu)可靠。圖4OMPdecase磷酸化位點(diǎn)分析Fig.4Predictedphosphorylatedsitesoforotidine5'-monophosphatedecarboxylase圖5OMPdecase三維結(jié)構(gòu)Fig.5Predictedthree-....


圖5OMPdecase三維結(jié)構(gòu)Fig.5Predictedthree-dimensionstructureoforotidine5'-monophosphatedecarboxylase

圖5OMPdecase三維結(jié)構(gòu)Fig.5Predictedthree-dimensionstructureoforotidine5'-monophosphatedecarboxylase

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圖9嘧啶核苷酸從頭合成途徑示意圖Fig.9Schematicrepresentationofdenovopyrimidinesyntheticpathway

圖9嘧啶核苷酸從頭合成途徑示意圖Fig.9Schematicrepresentationofdenovopyrimidinesyntheticpathway

yrC編碼的二氫乳清酸酶催化氨甲酰天冬氨酸脫水,形成二氫乳清酸,后者經(jīng)pyrD編碼的二氫乳清酸脫氫酶催化脫氫形成乳清酸,pyrE編碼的乳清酸磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶催化乳清酸與磷酸核糖焦磷酸化合,生成乳清酸核苷-5'-磷酸,后者再由pyrF編碼的OMPdecase催化脫去羧基,生成尿嘧啶核....



本文編號:3977840

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