發(fā)布時間：2024-06-11 03:39

　　銅綠假單胞菌是廣泛存在于自然界的人類及其它動物的病原體。當(dāng)宿主正常防御機制被受損時,銅綠假單胞菌可從帶菌狀態(tài)發(fā)展為感染狀態(tài),甚至對多種抗生素產(chǎn)生耐藥性。本研究對馬血液中的銅綠假單胞菌構(gòu)建TruSeq DNA文庫,利用Illumina Miseq平臺進行全基因組重測序,篩選其重要的SNPs和InDels并進行功能注釋,為進一步研究馬銅綠假單胞菌的致病機制打下基礎(chǔ)。實驗結(jié)果如下： 1全基因組重測序結(jié)果 總共獲得大約51萬對reads,插入片段為450bp,讀長為170-220bp。測序得到的數(shù)據(jù)在參考基因組上進行比對發(fā)現(xiàn)片段配對率為93%,覆蓋率為96.8%。檢測到7990個SNP,其中純合SNP為7903個,雜合SNP為87個；存在99個InDels,其中純合InDels為97個,雜合InDels為2個。 2功能注釋結(jié)果 根據(jù)SNPs和InDels分布進行COG和GO功能注釋。根據(jù)COG數(shù)據(jù)庫主要被歸類為：氨基酸轉(zhuǎn)運和代謝,信號傳導(dǎo)機制,次生代謝產(chǎn)物的生物合成、轉(zhuǎn)運和分解代謝及其它的一些未知功能；根據(jù)G0數(shù)據(jù)庫被歸類為：膜合成,ATP結(jié)合,氧化還原過程,DNA模板和轉(zhuǎn)錄調(diào)控,磷酸轉(zhuǎn)移信號...

【文章頁數(shù)】：48 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1Reads丨長度分布

Table4StatisticsoftheFilteredDataLibrary Rawdata(bp)Cleandata(bp)PE450 232，122,233】99,625，050表5Reads的長度統(tǒng)計Table5Statisticsoft....

本文編號：3992350