HIV-1新重組株CRF01 A E/07 B C的鑒定和江蘇省CRF01 A E全長(zhǎng)序列的特征分析
發(fā)布時(shí)間：2020-12-06 14:15
目的:人類免疫缺陷病毒（HIV）是引起獲得性免疫缺陷綜合征（AIDS）的病原體,近年來(lái),全球HIV流行范圍越來(lái)越廣,病毒亞型種類越來(lái)越復(fù)雜。同樣,中國(guó)也面臨越來(lái)越復(fù)雜的HIV-1遺傳多樣性。在中國(guó),流行的主要亞型包括B亞型、CRFsBC（包括CRF07BC、CRF08BC和一些URFsBC）以及CRF01AE（它們共占所有感染的大約94.9%）。雖然這些亞型在不同的高危人群中所占優(yōu)勢(shì)不同,但是幾乎每種高危人群中都能檢測(cè)到所有亞型或流行重組型,這種現(xiàn)象為不同亞型或流行重組型之間發(fā)生重組提供了機(jī)會(huì)。我們最近在江蘇省男同性戀人群（MSM）中發(fā)現(xiàn)B亞型、CRF01AE和CRFsBC具有幾乎相同的流行比例（＞28.6%）,這表明亞型或流行重組型之間發(fā)生重組的可能性很高。本文試圖在江蘇省高危人群中尋找新的重組型病毒,并且探討其起源。方法:使用巢式PCR的方法獲得HIV-1的gag-RT、p17、C2V3區(qū)域或基因組全長(zhǎng)序列,并對(duì)其進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析...
【文章來(lái)源】：江蘇大學(xué)江蘇省
【文章頁(yè)數(shù)】：68 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
7JSNJ045的3.skb、3.3kb和2.6kb片段P片段PeR產(chǎn)物，uneZ:3.3kb片段PeR產(chǎn)物，
圖3.507JsWXo45物I卿CZv3區(qū)域系統(tǒng)發(fā)生分析pI7(A)和cZv3(B)的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)由ME以4.0neighbor一oining方法構(gòu)建。拓?fù)淇煽啃杂芍貜?fù)1000次的bootstrap分析進(jìn)行評(píng)估。只有大于80的bootstr叩值顯示在相應(yīng)的結(jié)點(diǎn)。Hw一1亞型和流行重組型的參考序列來(lái)自于助sAl~5Hlv序列數(shù)據(jù)庫(kù)(httP://www.址v.la川.即v/content/index).江蘇省的五個(gè)cRFDlweA五的尸17序列和四個(gè)CZV3序列為之前文獻(xiàn)中報(bào)道的序列住獻(xiàn)12》這些序列相應(yīng)的GenBank序列號(hào)分別為EU676124，、EU676126、EU676127、EU676133、EU676137和EU676141，EU676142、EU676145、EU676147。Figure3.5PhylogeneticanalysesofP17andCZV3regionsof07JSWX045.ThePhylogenetictreesofP17(A)andCZv3(助regionswereconstruetedwithMEGA4.0，usingtheneighbor一oiningmethod.Reli的ilityoftoPologieswasestimatedbyPerfornlingbootstrapanalyseswith1000rePlicates.oulybootstraPvalues>80areshown.HIV一1subtyPeandCRFreferencesequenceswerefromthe助5Alar口05HYVSequenceDatabase(httP:刀www.hiv.lanl.g()v/eontent/index).FiveJiangsuCR刊1一AEPl7sequeneesandfourCZV3sequeneesPreviouslydescribedinRef.12areavailableunderGenBankaCCessionnumbersEU676124，EU676126，EU6761z7，EU676i33，EU676137andEU676141，EU676142，EU676145，EU676147，resPeetively.
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]艾滋病病毒分子亞型流行病學(xué)研究進(jìn)展[J]. 劉翌. 中國(guó)國(guó)境衛(wèi)生檢疫雜志. 2006(S1)
本文編號(hào)：2901518
【文章來(lái)源】：江蘇大學(xué)江蘇省
【文章頁(yè)數(shù)】：68 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
7JSNJ045的3.skb、3.3kb和2.6kb片段P片段PeR產(chǎn)物，uneZ:3.3kb片段PeR產(chǎn)物，
圖3.507JsWXo45物I卿CZv3區(qū)域系統(tǒng)發(fā)生分析pI7(A)和cZv3(B)的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)由ME以4.0neighbor一oining方法構(gòu)建。拓?fù)淇煽啃杂芍貜?fù)1000次的bootstrap分析進(jìn)行評(píng)估。只有大于80的bootstr叩值顯示在相應(yīng)的結(jié)點(diǎn)。Hw一1亞型和流行重組型的參考序列來(lái)自于助sAl~5Hlv序列數(shù)據(jù)庫(kù)(httP://www.址v.la川.即v/content/index).江蘇省的五個(gè)cRFDlweA五的尸17序列和四個(gè)CZV3序列為之前文獻(xiàn)中報(bào)道的序列住獻(xiàn)12》這些序列相應(yīng)的GenBank序列號(hào)分別為EU676124，、EU676126、EU676127、EU676133、EU676137和EU676141，EU676142、EU676145、EU676147。Figure3.5PhylogeneticanalysesofP17andCZV3regionsof07JSWX045.ThePhylogenetictreesofP17(A)andCZv3(助regionswereconstruetedwithMEGA4.0，usingtheneighbor一oiningmethod.Reli的ilityoftoPologieswasestimatedbyPerfornlingbootstrapanalyseswith1000rePlicates.oulybootstraPvalues>80areshown.HIV一1subtyPeandCRFreferencesequenceswerefromthe助5Alar口05HYVSequenceDatabase(httP:刀www.hiv.lanl.g()v/eontent/index).FiveJiangsuCR刊1一AEPl7sequeneesandfourCZV3sequeneesPreviouslydescribedinRef.12areavailableunderGenBankaCCessionnumbersEU676124，EU676126，EU6761z7，EU676i33，EU676137andEU676141，EU676142，EU676145，EU676147，resPeetively.
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]艾滋病病毒分子亞型流行病學(xué)研究進(jìn)展[J]. 劉翌. 中國(guó)國(guó)境衛(wèi)生檢疫雜志. 2006(S1)
本文編號(hào)：2901518
本文鏈接：http://www.wukwdryxk.cn/yixuelunwen/shiyanyixue/2901518.html
最近更新
教材專著
