發(fā)布時(shí)間：2024-07-09 05:14

　　目的:1.運(yùn)用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(Weighted gene co-Expression network analysis,WGCNA)構(gòu)建尤因肉瘤(Ewing’s sarcoma,ES)差異表達(dá)基因(differentially expressed genes,DEGs)的無(wú)尺度網(wǎng)絡(luò),尋找ES患者臨床預(yù)后的關(guān)鍵基因,并挖掘可能參與的生物學(xué)功能。2.基于COX比例風(fēng)險(xiǎn)回歸分析,構(gòu)建ES患者預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型。3.ES相關(guān)的多張表達(dá)譜芯片聯(lián)合生物信息學(xué)分析,挖掘ES的核心基因及其相關(guān)的生物學(xué)功能。方法:1.從NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載尤因肉瘤相關(guān)的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)及其臨床相關(guān)信息。ES表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)獲取及篩選條件為:(a)數(shù)據(jù)來(lái)自人類(lèi)的尤因肉瘤患者mRNA表達(dá)譜芯片的原始數(shù)據(jù),而非動(dòng)物模型,(b)含有ES組織和正常對(duì)照組織或無(wú)正常對(duì)照組織但有詳細(xì)臨床數(shù)據(jù)的ES患者的表達(dá)譜芯片的原始數(shù)據(jù)。2.利用RMA(Robust Multiarray Averaging)方法進(jìn)行原始數(shù)據(jù)預(yù)處理,oligo包用于GSE68776與GSE6315,affy包用于GSE17679與GSE45544。3.GSE1...

【文章頁(yè)數(shù)】：77 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-1AGSE17679DEGs熱圖（表達(dá)上調(diào)的25個(gè)基因和表達(dá)下調(diào)25個(gè)基因），紅色代表高表達(dá)，綠色代表低表達(dá)

圖1-1AGSE17679DEGs熱圖（表達(dá)上調(diào)的25個(gè)基因和表達(dá)下調(diào)25個(gè)基因），紅色代高表達(dá)，綠色代表低表達(dá)。圖1-1BES樣本層次聚類(lèi)圖。圖中顏色對(duì)應(yīng)樣本的不同生存間，生存狀態(tài)，年齡和性別。在生存時(shí)間一欄中白色代表生存時(shí)間短，紅色代表生存時(shí)長(zhǎng)。在年齡一欄....

圖1-1BES樣本層次聚類(lèi)圖

圖1-1AGSE17679DEGs熱圖（表達(dá)上調(diào)的25個(gè)基因和表達(dá)下調(diào)25個(gè)基因），紅色代高表達(dá)，綠色代表低表達(dá)。圖1-1BES樣本層次聚類(lèi)圖。圖中顏色對(duì)應(yīng)樣本的不同生存間，生存狀態(tài)，年齡和性別。在生存時(shí)間一欄中白色代表生存時(shí)間短，紅色代表生存時(shí)長(zhǎng)。在年齡一欄....

圖1-2GSE17679中ES樣本中基因平均表達(dá)水平圖

7圖1-2GSE17679中ES樣本中基因平均表達(dá)水平圖

圖1-4模塊特征向量基因聚類(lèi)圖

1-4模塊特征向量基因聚類(lèi)圖。依據(jù)左側(cè)圖中設(shè)定的閾值（紅色線條）將塊合并形成右側(cè)模塊合并圖。

本文編號(hào)：4004452