木麻黃耐鹽相關(guān)基因挖掘及功能驗證
發(fā)布時間：2020-12-19 16:46
木麻黃（Casuarina equisetifolia Forst.）是一種原產(chǎn)于熱帶、亞熱帶的典型沿海防護林樹種,其基因組較小,種子數(shù)量較多,很適合作為耐鹽研究的模式樹種。然而,其耐鹽機制尚不清楚。本研究對木麻黃進行了0,100 mM,200 mM鹽脅迫處理和轉(zhuǎn)錄組測序。通過GO分類、KEGG代謝通路及差異基因表達分析確定了CeCIGR1作為耐鹽候選基因并進行了熒光定量PCR驗證。利用根癌農(nóng)桿菌介導的轉(zhuǎn)基因技術(shù)侵染楊樹莖段外植體,對鑒定為陽性的轉(zhuǎn)基因楊樹進行鹽脅迫下的生理指標測定。得到的主要結(jié)果如下:一、轉(zhuǎn)錄組測序共得到57850條Unigene,最短的Unigene長度為201 nt,最長13035 nt。在eggNOG數(shù)據(jù)庫中共有55.48%的Unigene被注釋,是六大數(shù)據(jù)庫（Nr、eggNOG、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot）中注釋程度最高的;GO功能分類占比最高的是細胞組件,占了所有Unigene的33%,KEGG代謝通路注釋有32.8%是新陳代謝通路,占比最高;根據(jù)Nr數(shù)據(jù)庫中蛋白序列相似度對比,發(fā)現(xiàn)有46.63%的蛋白序列與胡桃同源,是與木麻黃親緣關(guān)系的...
【文章來源】：浙江農(nóng)林大學浙江省
【文章頁數(shù)】：72 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
cDNA文庫構(gòu)建Figure2.1constructionofcDNAlibrary
木麻黃轉(zhuǎn)錄組特征與耐鹽基因挖掘//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)驗證序列質(zhì)量，所有的下析都是基于高質(zhì)量的有效數(shù)據(jù)。2 序列組裝用從頭組裝軟件對所有樣本過濾后得到的有效讀長（Clean Reads）進行從再將所有組裝成的長片段（Contig）組裝成兩端不能再延長的序列，最后進化得到 Unigene。 接下來對得到的 Unigene 進行組裝質(zhì)量的評判，包括ne 的長度、GC 含量和 N50 等。N50 可以作為基因組、轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果好壞判斷標準，指的是將所有組裝出來的結(jié)果按照長度從高到低進行排列后，長度一半時的長度。3 Unigene 功能注釋及分類裝完的 Unigene 并沒有對應的功能注釋，所以我們將 Unigene 對照 NCBI、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot 和 eGGNOG 六個權(quán)威數(shù)據(jù)庫進行注釋。
Unigene長度分布圖
【參考文獻】：
期刊論文
[1]鹽脅迫對黑果枸杞光合生理指標的影響[J]. 李遠航,賀康寧,張?zhí)?張震中,尹寶絲,林莎,王莉. 中國水土保持科學. 2019(01)
[2]外源脯氨酸對鹽脅迫下蘿卜幼苗生長、抗氧化酶活性及滲透調(diào)節(jié)物質(zhì)積累的影響[J]. 王瑋,吳傳萬,王欣,趙建鋒,汪國蓮,孫玉東. 江西農(nóng)業(yè)學報. 2019(03)
[3]鹽脅迫對金葉榆幼苗葉綠素熒光參數(shù)的影響[J]. 杜美娥,王紅霞,張偉,任昱,馬麗杰. 北方園藝. 2019(05)
[4]文冠果果實轉(zhuǎn)錄組測序及分析[J]. 趙陽陽,郭雨瀟,張凌云. 生物技術(shù)通報. 2019(06)
[5]鹽和干旱脅迫對芥菜型油菜種子萌發(fā)及幼苗生長的影響[J]. 熱孜亞·麥麥提,顧元國,李強,王娟,侯獻飛,賈東海,買買提·伊明. 新疆農(nóng)業(yè)科學. 2018(10)
[6]EM菌對NaCl脅迫下核桃幼苗生長、光合特性及抗氧化系統(tǒng)的影響[J]. 艾爾買克·才卡斯木,鐘海霞,張雯,張付春. 新疆農(nóng)業(yè)科學. 2018(10)
[7]鹽堿脅迫對紅花種子萌發(fā)的影響[J]. 崔丹丹,李林林,王繼龍,蘇小惠,譚勇,崔國賢. 中藥材. 2019(01)
[8]基于Illumina HiSeq 2500測序技術(shù)對高溫脅迫下苦瓜葉片轉(zhuǎn)錄組特性分析[J]. 杜文麗,陳中釤,許端祥,高山,溫慶放. 分子植物育種. 2019(02)
[9]蒙古扁桃菌根苗對干旱脅迫的分子響應機制[J]. 趙敏,寧心哲,謝旭強,閆三強,王琚鋼,白淑蘭. 西北農(nóng)林科技大學學報(自然科學版). 2019(08)
[10]脫落酸對低溫脅迫下玉米幼苗生長和光合特性的影響[J]. 田禮欣,楊曄,左師宇,劉旋,魏湜,孫磊,李晶. 作物雜志. 2018(06)
博士論文
[1]達爾文氏棉旱脅迫轉(zhuǎn)錄組測序、EST-SSR開發(fā)及高密度遺傳圖譜構(gòu)建[D]. 陳浩東.中國農(nóng)業(yè)科學院 2013
[2]長雄野生稻地下莖及耐冷性狀功能基因組學及比較轉(zhuǎn)錄組學分析[D]. 張婷.武漢大學 2013
[3]快速葉綠素熒光誘導動力學在植物逆境生理研究中的應用[D]. 李鵬民.山東農(nóng)業(yè)大學 2007
碩士論文
[1]鹽脅迫甘草愈傷組織轉(zhuǎn)錄組測序分析[D]. 潘笑.河北大學 2018
[2]高鹽脅迫下翅堿蓬的全轉(zhuǎn)錄組研究[D]. 曹晟陽.大連海洋大學 2018
[3]毛棉幼苗鹽脅迫初期轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 張璞凡.河南大學 2017
[4]低溫脅迫對細枝木麻黃無性系生理指標和轉(zhuǎn)錄組的影響[D]. 劉芬.中南林業(yè)科技大學 2015
[5]小佛肚竹BvCIGR基因的生物學功能分析及在水稻種質(zhì)創(chuàng)新的應用[D]. 林源.浙江農(nóng)林大學 2014
[6]基于高通量測序的木麻黃轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 劉海.福建農(nóng)林大學 2014
[7]棉花幼苗鹽脅迫條件下Solexa轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的分析及驗證[D]. 王剛.山東農(nóng)業(yè)大學 2011
本文編號：2926242
【文章來源】：浙江農(nóng)林大學浙江省
【文章頁數(shù)】：72 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
cDNA文庫構(gòu)建Figure2.1constructionofcDNAlibrary
木麻黃轉(zhuǎn)錄組特征與耐鹽基因挖掘//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)驗證序列質(zhì)量，所有的下析都是基于高質(zhì)量的有效數(shù)據(jù)。2 序列組裝用從頭組裝軟件對所有樣本過濾后得到的有效讀長（Clean Reads）進行從再將所有組裝成的長片段（Contig）組裝成兩端不能再延長的序列，最后進化得到 Unigene。 接下來對得到的 Unigene 進行組裝質(zhì)量的評判，包括ne 的長度、GC 含量和 N50 等。N50 可以作為基因組、轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果好壞判斷標準，指的是將所有組裝出來的結(jié)果按照長度從高到低進行排列后，長度一半時的長度。3 Unigene 功能注釋及分類裝完的 Unigene 并沒有對應的功能注釋，所以我們將 Unigene 對照 NCBI、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot 和 eGGNOG 六個權(quán)威數(shù)據(jù)庫進行注釋。
Unigene長度分布圖
【參考文獻】：
期刊論文
[1]鹽脅迫對黑果枸杞光合生理指標的影響[J]. 李遠航,賀康寧,張?zhí)?張震中,尹寶絲,林莎,王莉. 中國水土保持科學. 2019(01)
[2]外源脯氨酸對鹽脅迫下蘿卜幼苗生長、抗氧化酶活性及滲透調(diào)節(jié)物質(zhì)積累的影響[J]. 王瑋,吳傳萬,王欣,趙建鋒,汪國蓮,孫玉東. 江西農(nóng)業(yè)學報. 2019(03)
[3]鹽脅迫對金葉榆幼苗葉綠素熒光參數(shù)的影響[J]. 杜美娥,王紅霞,張偉,任昱,馬麗杰. 北方園藝. 2019(05)
[4]文冠果果實轉(zhuǎn)錄組測序及分析[J]. 趙陽陽,郭雨瀟,張凌云. 生物技術(shù)通報. 2019(06)
[5]鹽和干旱脅迫對芥菜型油菜種子萌發(fā)及幼苗生長的影響[J]. 熱孜亞·麥麥提,顧元國,李強,王娟,侯獻飛,賈東海,買買提·伊明. 新疆農(nóng)業(yè)科學. 2018(10)
[6]EM菌對NaCl脅迫下核桃幼苗生長、光合特性及抗氧化系統(tǒng)的影響[J]. 艾爾買克·才卡斯木,鐘海霞,張雯,張付春. 新疆農(nóng)業(yè)科學. 2018(10)
[7]鹽堿脅迫對紅花種子萌發(fā)的影響[J]. 崔丹丹,李林林,王繼龍,蘇小惠,譚勇,崔國賢. 中藥材. 2019(01)
[8]基于Illumina HiSeq 2500測序技術(shù)對高溫脅迫下苦瓜葉片轉(zhuǎn)錄組特性分析[J]. 杜文麗,陳中釤,許端祥,高山,溫慶放. 分子植物育種. 2019(02)
[9]蒙古扁桃菌根苗對干旱脅迫的分子響應機制[J]. 趙敏,寧心哲,謝旭強,閆三強,王琚鋼,白淑蘭. 西北農(nóng)林科技大學學報(自然科學版). 2019(08)
[10]脫落酸對低溫脅迫下玉米幼苗生長和光合特性的影響[J]. 田禮欣,楊曄,左師宇,劉旋,魏湜,孫磊,李晶. 作物雜志. 2018(06)
博士論文
[1]達爾文氏棉旱脅迫轉(zhuǎn)錄組測序、EST-SSR開發(fā)及高密度遺傳圖譜構(gòu)建[D]. 陳浩東.中國農(nóng)業(yè)科學院 2013
[2]長雄野生稻地下莖及耐冷性狀功能基因組學及比較轉(zhuǎn)錄組學分析[D]. 張婷.武漢大學 2013
[3]快速葉綠素熒光誘導動力學在植物逆境生理研究中的應用[D]. 李鵬民.山東農(nóng)業(yè)大學 2007
碩士論文
[1]鹽脅迫甘草愈傷組織轉(zhuǎn)錄組測序分析[D]. 潘笑.河北大學 2018
[2]高鹽脅迫下翅堿蓬的全轉(zhuǎn)錄組研究[D]. 曹晟陽.大連海洋大學 2018
[3]毛棉幼苗鹽脅迫初期轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 張璞凡.河南大學 2017
[4]低溫脅迫對細枝木麻黃無性系生理指標和轉(zhuǎn)錄組的影響[D]. 劉芬.中南林業(yè)科技大學 2015
[5]小佛肚竹BvCIGR基因的生物學功能分析及在水稻種質(zhì)創(chuàng)新的應用[D]. 林源.浙江農(nóng)林大學 2014
[6]基于高通量測序的木麻黃轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 劉海.福建農(nóng)林大學 2014
[7]棉花幼苗鹽脅迫條件下Solexa轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的分析及驗證[D]. 王剛.山東農(nóng)業(yè)大學 2011
本文編號：2926242
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