“三臺”核桃不同成熟期果實(shí)轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時間：2021-07-21 19:03
以云南優(yōu)良品種"三臺"核桃4個不同成熟期種仁為材料,從分子水平上探索云南核桃（Juglans sigillata）種子不同成熟期種仁合成相關(guān)基因的表達(dá)模式。共有53 868條unigenes得到了注釋,其中33 407條unigenes注釋在Nr數(shù)據(jù)庫中;31 725條unigenes注釋在KEGG數(shù)據(jù)庫中;Swissprot數(shù)據(jù)庫中注釋到19 842條unigenes;COG數(shù)據(jù)庫中注釋到16 655條unigenes。四大數(shù)據(jù)庫共注釋到33 753條unigenes,占總unigenes的62.66%。CK-vs-HT1、CK-vs-HT2、CK-vs-HT3、HT1-vs-HT2、HT1-vs-HT3、HT2-vs-HT3分別有2 417、2 703、4 166、1 256、5 347、3 283條上調(diào)表達(dá)的差異基因和9 515、12 455、9 498、1 751、3 132、1 365條下調(diào)表達(dá)的差異基因。不同時期基因差異表達(dá)富集度最高的為脂肪酸生物合成代謝通路。核桃果實(shí)在成熟中后期,油脂及蛋白大量積累,相關(guān)基因表達(dá)量增加。
【文章來源】：安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,48(23)
【文章頁數(shù)】：6 頁
【部分圖文】：
“三臺”核桃四大數(shù)據(jù)庫注釋維恩圖
Nr數(shù)據(jù)庫屬于非冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫NR(non-redundant protein sequence database)非冗余蛋白庫,NCBI收錄,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,對于所有已知的或可能的編碼序列,NR記錄中都給出了相應(yīng)的氨基酸序列(通過已知或可能的讀碼框推斷而來)以及專門蛋白數(shù)據(jù)庫中的序列號[13]�！叭_”核桃序列與Nr數(shù)據(jù)庫比對的結(jié)果如圖2。其中有25 505條unigenes比對到云南核桃即鐵核桃上,基因配比率達(dá)76.34%,其余依次為土瓶草(2.46%)、可可(2.12%)、葡萄(1.14%)、木豆(1.01%)、黃麻(0.85%)、粉掌(0.76%)、棗(0.74%)、烏梅(0.61%)等。而其余13.37%的序列沒有明確匹配到相應(yīng)物種,可能是因?yàn)榉稚⒌搅硕喾N其他物種,或由于產(chǎn)生了一些數(shù)據(jù)庫里沒有的新基因。2.4 KEGG pathway分析
表2 “三臺”核桃轉(zhuǎn)錄組的KEGG注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)Table 2 Statistics of KEGG annotation results of Santai walnut transcripts KEGG代表類別KEGG categories represented 基因數(shù)Number of uniques 新陳代謝Metabolism 6 662 遺傳信息過程Genetic information processing 2 498 環(huán)境信息過程Environmental information processing 546 細(xì)胞過程Cellular processes 567 生物系統(tǒng)Organismal systems 422 合計(jì)Total 10 6952.5 COG功能分類
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]NaCl處理谷子萌發(fā)期種子的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析[J]. 潘教文,李臻,王慶國,管延安,李小波,戴紹軍,丁國華,劉煒. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(22)
[2]核桃種子油脂轉(zhuǎn)化期轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 楊麗,陳虹,潘存德,尚劉群,方淼,趙明明. 果樹學(xué)報(bào). 2017(09)
博士論文
[1]三椏苦種子休眠的解除方法和初步機(jī)理研究[D]. 魯強(qiáng).廣州中醫(yī)藥大學(xué) 2019
[2]‘紅陽’獼猴桃果實(shí)發(fā)育轉(zhuǎn)錄組及花青素累積機(jī)理研究[D]. 李文彬.中國科學(xué)院研究生院(武漢植物園) 2015
[3]蘿卜鉛（Pb）脅迫響應(yīng)的分子機(jī)制研究[D]. 王燕.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
碩士論文
[1]靈武長棗嫁接與根蘗繁殖植株生長、果實(shí)特性的比較[D]. 白琳云.寧夏大學(xué) 2019
[2]熏硫及脫硫處理對龍眼貯藏生理的影響及轉(zhuǎn)錄組研究[D]. 劉文浩.華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]核桃胚脂肪積累期轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 張楠.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
本文編號：3295597
【文章來源】：安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,48(23)
【文章頁數(shù)】：6 頁
【部分圖文】：
“三臺”核桃四大數(shù)據(jù)庫注釋維恩圖
Nr數(shù)據(jù)庫屬于非冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫NR(non-redundant protein sequence database)非冗余蛋白庫,NCBI收錄,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,對于所有已知的或可能的編碼序列,NR記錄中都給出了相應(yīng)的氨基酸序列(通過已知或可能的讀碼框推斷而來)以及專門蛋白數(shù)據(jù)庫中的序列號[13]�！叭_”核桃序列與Nr數(shù)據(jù)庫比對的結(jié)果如圖2。其中有25 505條unigenes比對到云南核桃即鐵核桃上,基因配比率達(dá)76.34%,其余依次為土瓶草(2.46%)、可可(2.12%)、葡萄(1.14%)、木豆(1.01%)、黃麻(0.85%)、粉掌(0.76%)、棗(0.74%)、烏梅(0.61%)等。而其余13.37%的序列沒有明確匹配到相應(yīng)物種,可能是因?yàn)榉稚⒌搅硕喾N其他物種,或由于產(chǎn)生了一些數(shù)據(jù)庫里沒有的新基因。2.4 KEGG pathway分析
表2 “三臺”核桃轉(zhuǎn)錄組的KEGG注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)Table 2 Statistics of KEGG annotation results of Santai walnut transcripts KEGG代表類別KEGG categories represented 基因數(shù)Number of uniques 新陳代謝Metabolism 6 662 遺傳信息過程Genetic information processing 2 498 環(huán)境信息過程Environmental information processing 546 細(xì)胞過程Cellular processes 567 生物系統(tǒng)Organismal systems 422 合計(jì)Total 10 6952.5 COG功能分類
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]NaCl處理谷子萌發(fā)期種子的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析[J]. 潘教文,李臻,王慶國,管延安,李小波,戴紹軍,丁國華,劉煒. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(22)
[2]核桃種子油脂轉(zhuǎn)化期轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 楊麗,陳虹,潘存德,尚劉群,方淼,趙明明. 果樹學(xué)報(bào). 2017(09)
博士論文
[1]三椏苦種子休眠的解除方法和初步機(jī)理研究[D]. 魯強(qiáng).廣州中醫(yī)藥大學(xué) 2019
[2]‘紅陽’獼猴桃果實(shí)發(fā)育轉(zhuǎn)錄組及花青素累積機(jī)理研究[D]. 李文彬.中國科學(xué)院研究生院(武漢植物園) 2015
[3]蘿卜鉛（Pb）脅迫響應(yīng)的分子機(jī)制研究[D]. 王燕.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
碩士論文
[1]靈武長棗嫁接與根蘗繁殖植株生長、果實(shí)特性的比較[D]. 白琳云.寧夏大學(xué) 2019
[2]熏硫及脫硫處理對龍眼貯藏生理的影響及轉(zhuǎn)錄組研究[D]. 劉文浩.華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]核桃胚脂肪積累期轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 張楠.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
本文編號：3295597
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