發(fā)布時間：2020-11-20 06:12

　　 目的:應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析幽門螺桿菌(Hp)毒力島基因和空泡毒素基因在伴放線放線桿菌(Aa)中的存在及序列的變化。方法:用ncbi genbank數(shù)據(jù)庫、蛋白同源性比對(blastP和tblastn)、極大似然法構(gòu)建進化樹和計算序列多態(tài)性研究Aa中是否含有Hp的毒力島基因及空泡毒素基因,分析其相應(yīng)的序列變異特征。結(jié)果:在Aa菌株中含有4個Hp毒力島基因的同源基因,cagE、cagX、cagY和cagBeta。與其他種屬菌株相比,Aa的cagE與Hp有較近的親緣關(guān)系,且Aa菌株含有cagE基因的比列較高;基因多態(tài)性分析發(fā)現(xiàn),cagE在兩個物種中均有較低的Tajima's D值(負(fù)值),兩者的Pi值存在明顯差異(P0.01)。結(jié)論:Aa中含有Hp的部分毒力島基因,其中cagE在兩個物種中有較近的親緣關(guān)系,且受到了負(fù)向選擇的作用。
【部分圖文】：

表1 Aa中Hp毒力相關(guān)基因的同源性分析Tab 1 Homology analysis of Hp virulence related genes in Aa 基因名 蛋白名 蛋白長度 E值 基因名 蛋白名 蛋白長度 E值 cag1 CagZeta 115 NA cag16 CagM 376 NA cag3 Cag3 481 NA cag17 CagN 306 NA cag4 Cag4 169 NA cag18 CagL 237 NA cag5 CagBeta 748 1.00E-81 cag19 CagI 381 NA cag6 CagZ 199 NA cag20 CagH 370 NA cag7 CagY 1927 2.00E-27 cag21 CagG 142 NA cag8 CagX 522 6.00E-18 cag22 CagF 268 NA cag9 CagW 535 NA cag23 CagE 983 4.00E-87 cag10 CagV 252 NA cag24 CagD 207 NA cag11 CagU 218 NA cag25 CagC 115 NA cag12 CagT 280 NA cagB CagB 75 NA cag13 CagS 196 NA cag26 CagA 1186 NA cag14 CagQ 126 NA vacA VacA 1290 NA cag15 CagP 114 NA - - - - 注:blastP比對后得到的E值,E值越小表示在Aa中無對應(yīng)蛋白的可能性越大; NA: 表示blastP比對后在Aa中未發(fā)現(xiàn)對應(yīng)的蛋白圖2 Aa和Hp的CagE蛋白結(jié)構(gòu)域分析

Aa和Hp的CagE蛋白結(jié)構(gòu)域分析

從ncbi中下載含有完整基因組的44 個Hp菌株和8 個Aa菌株,tblastn檢驗結(jié)果發(fā)現(xiàn),所有Hp菌株中均含有cagE基因,而且在8 個Aa菌株中有4 個菌株含有cagE基因,兩者均顯著高于Genbank中其他菌株的比例(15%)(P<0.05)(圖4)。由此可見,與其他非Hp相比,cagE基因普遍存在于Aa菌株中。圖4 不同種細(xì)菌菌株中cagE的比例分析
【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前8條

1 鐘德鈺;章錦才;張雄;Sirkka Asikainen;;伴放線放線桿菌血液感染菌株的血清型分析[J];廣東牙病防治;2010年09期

2 劉冬宇,王者玲;伴放線放線桿菌菌毛研究進展[J];國外醫(yī)學(xué).口腔醫(yī)學(xué)分冊;2004年04期

3 段君蘭;李璐;徐艷;楊迷芳;;伴放線放線桿菌細(xì)胞致死性擴張毒素的細(xì)胞毒性研究[J];牙體牙髓牙周病學(xué)雜志;2011年04期

4 鐘德鈺;章錦才;張雄;葛春旭;;伴放線放線桿菌磷酸膽堿的電泳分析[J];廣東牙病防治;2012年06期

5 段君蘭;徐艷;;伴放線放線桿菌細(xì)胞致死性擴張毒素研究進展[J];牙體牙髓牙周病學(xué)雜志;2014年01期

6 裴振華;王菁;王者玲;;伴放線放線桿菌形態(tài)變化對白細(xì)胞毒素分泌影響的研究[J];北京口腔醫(yī)學(xué);2010年05期

7 林曉萍;劉洪利;杜莉莉;Toshihisa Kawai;張春輝;;PPARγ激動劑對T細(xì)胞增殖及破骨細(xì)胞形成的影響[J];上海口腔醫(yī)學(xué);2011年04期

8 侯本祥,章錦才,張?zhí)N惠,張靜儀,肖曉蓉,吉慶勇;外源性糖對口腔細(xì)菌產(chǎn)生過氧化氫能力的影響[J];牙體牙髓牙周病學(xué)雜志;1998年01期

本文編號：2891068