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海洋生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中新型降鈣素序列挖掘、優(yōu)化與功能驗(yàn)證

發(fā)布時(shí)間:2020-12-08 07:37
  背景:我國(guó)已逐步進(jìn)入老年社會(huì),骨質(zhì)疏松癥是老年人尤其是中老年婦女的常見(jiàn)病,盡管降鈣素是臨床上用來(lái)治療骨質(zhì)疏松癥的有效藥物,但其也存在著諸如成本高、半衰期較短、免疫原性高等問(wèn)題。因此,發(fā)掘更高效的降鈣素具有重要臨床意義。目的:通過(guò)對(duì)多種新型海洋來(lái)源的降鈣素基因序列進(jìn)行序列對(duì)比、進(jìn)化樹(shù)分析、活性檢測(cè),發(fā)現(xiàn)高效新型降鈣素,為臨床應(yīng)用奠定基礎(chǔ);建立高通量挖掘驗(yàn)證活性多肽的技術(shù)平臺(tái),為發(fā)現(xiàn)新功能多肽提供技術(shù)儲(chǔ)備。內(nèi)容:1、利用生物信息學(xué)方法從海洋生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中挖掘不同物種的降鈣素序列。2、分析各降鈣素序列差異、化學(xué)合成、質(zhì)譜分析及活性驗(yàn)證。3、總結(jié)活性規(guī)律,并在此基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)優(yōu)化新的降鈣素序列及功能驗(yàn)證。4、通過(guò)對(duì)降鈣素的研究初步建立海洋生物活性多肽的篩選平臺(tái)。方法:1、利用鮭魚(yú)降鈣素序列進(jìn)行BLAST獲得其他物種的降鈣素序列,由兩部分組成:NCBI非冗余蛋白庫(kù)和華大基因水生生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。2、通過(guò)clustal omega軟件進(jìn)行序列比對(duì),結(jié)合物種選取具有代表性的序列使用MEGA7軟件構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)。3、根據(jù)進(jìn)化樹(shù)結(jié)果,結(jié)合物種分類(lèi)選擇包括鮭魚(yú)降鈣素在內(nèi)的13條序列進(jìn)行化學(xué)合成。4、按照中國(guó)藥... 

【文章來(lái)源】:中國(guó)人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)上海市 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】:98 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

海洋生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中新型降鈣素序列挖掘、優(yōu)化與功能驗(yàn)證


鮭魚(yú)降鈣素的空間3D結(jié)構(gòu)

序列,降鈣素,進(jìn)化樹(shù),序列


MEGA7 軟件構(gòu)建的降鈣素進(jìn)化樹(shù)。進(jìn)化樹(shù)使用鄰接法和最大別構(gòu)建,然后生成一個(gè)共識(shí)樹(shù)。進(jìn)化距離使用 JTT 矩陣法計(jì)算代表遺傳距離Evolutionary relationships of calcitonins. Phylogenetic analysis waA7 software using the Neighbor-Joining method and Maximum Lhe evolutionary distances were computed using the JTT matrix-basular evolutionary tree of the calcitonin peptides was also drawn by are. The numbers at internal nodes and branches indicate the percentstrap values (1000 replicates). Scale length represented genetic dis樹(shù)結(jié)果顯示,根據(jù)距離關(guān)系和物種,我們可以將這 27 條序列分二組和第五組中各選擇 3 條序列,從第一組和第三組中各選擇中選擇 1 條序列,再加上人降鈣素和鮭魚(yú)降鈣素共計(jì) 13 條用于性檢測(cè)。序列及物種信息見(jiàn)表 5。

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Gga的MS/HPLC結(jié)果

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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本文編號(hào):2904723

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