發(fā)布時(shí)間：2020-12-08 03:04

　　目的:分析HBs Ab滴度>10 000 m U/ml外周血BCR CDR3受體庫(kù)的組成及特征,尋找可能的HBs Ab序列,為維持后續(xù)研究提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。方法:提取HBs Ab滴度高于10 000 m U/ml樣本的PBMC總DNA,外送美國(guó)Adaptive Biotechnologies Immuno SEQ平臺(tái)行Illumina Solexa高通量測(cè)序,用IMGT數(shù)據(jù)庫(kù)中的High V-QUEST軟件初步分析BCR CDR3受體庫(kù)IGHV、IGHJ和IGHD基因亞群的分布情況、IGHV-J配對(duì)取用情況、CDR3區(qū)氨基酸長(zhǎng)度分布及氨基酸取用情況,并與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中HBs Ab序列進(jìn)行比對(duì)。結(jié)果:實(shí)驗(yàn)樣本均高頻取用基因亞群IGHV3、IGHV4,IGHJ4、IGHJ6,IGHD3、IGHD6;高頻取用配對(duì)IGHV3-J4、IGHV3-J6。CDR3區(qū)氨基酸長(zhǎng)度均以14及15個(gè)氨基酸長(zhǎng)度為中線呈正態(tài)分布,高頻取用的氨基酸依次為Y、G、D、A、R、S,在107、108、109、113、114位點(diǎn)呈現(xiàn)氨基酸多樣性取用,在105、106、115、116、117位點(diǎn)上取用氨基酸保守。與NC... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)免疫學(xué)雜志. 2015年03期 第300-303頁(yè) 北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：4 頁(yè)

【部分圖文】：

IGHV/D/J基因家族的分布

圖1IGHV/D/J基因家族的分布Fig．1DistributionofIGHV/D/Jgenesubgroups圖2IGHV-J配對(duì)取用Fig．2IGHV-Jmatching圖3CDＲ3區(qū)長(zhǎng)度分布及氨基酸取用情況Fig．3CDＲ3lengthandaminoacidsfrequency表3與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)HBsAbH-CDＲ3比對(duì)結(jié)果Tab．3ComparisonresultsbetweenB4B5withNCBIHBsAbH-CDＲ3NCBIsequenceIDV-GENEJ-GENECDＲ3lengthV-ＲEGIONidentity(%)J-ＲEGIONidentity(%)B4totalB4uniqueB5totalB5uniqueM88318.1IGHV4-39*01IGHJ3*022292.3684.004421074M883161IGHV4-39*01IGHJ2*012291.4188.681302942M88309.1IGHV1-2*02IGHJ5*021691.6780.3963515910U66189.1IGHV3-33*01IGHJ6*031192.7186.440000AB012909.1IGHV3-30*04IGHJ4*021193.0691.670000HW259028.1IGHV1-18*01FIGHJ4*02F1092.0187.23161531916AF236816.1IGHV3-11*01FIGHJ4*03F1398.9670.8399200SUM49716679322.4與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中HBsAb比對(duì)結(jié)果從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得人源HBsAb序列13條，人工合成的HBsAb序列105條，B4、B5BCＲCDＲ3受體庫(kù)與其比較，未發(fā)現(xiàn)完全相同的CDＲ3序列。通過(guò)IMGT/HighV-QUEST分析，獲得7條可比對(duì)分析序列，將B4、B5BCＲCDＲ3序列與之比對(duì)，得到V基因、J基因、CDＲ3長(zhǎng)度完全一致的總序列數(shù)為1160條，獨(dú)特序列48條，見(jiàn)表3。3討論生物體在長(zhǎng)期的種系進(jìn)化過(guò)程中形成一系列防御機(jī)制，包括固有免疫和適應(yīng)性免疫，同時(shí)形成了多種抗原識(shí)別機(jī)制，其中B細(xì)胞特異性識(shí)別抗原和抗體形成及分泌作為適應(yīng)性免疫的核心問(wèn)題，一直受·302·中國(guó)免疫學(xué)雜志2015年第31卷

圖1IGHV/D/J基因家族的分布Fig．1DistributionofIGHV/D/Jgenesubgroups圖2IGHV-J配對(duì)取用Fig．2IGHV-Jmatching圖3CDＲ3區(qū)長(zhǎng)度分布及氨基酸取用情況Fig．3CDＲ3lengthandaminoacidsfrequency表3與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)HBsAbH-CDＲ3比對(duì)結(jié)果Tab．3ComparisonresultsbetweenB4B5withNCBIHBsAbH-CDＲ3NCBIsequenceIDV-GENEJ-GENECDＲ3lengthV-ＲEGIONidentity(%)J-ＲEGIONidentity(%)B4totalB4uniqueB5totalB5uniqueM88318.1IGHV4-39*01IGHJ3*022292.3684.004421074M883161IGHV4-39*01IGHJ2*012291.4188.681302942M88309.1IGHV1-2*02IGHJ5*021691.6780.3963515910U66189.1IGHV3-33*01IGHJ6*031192.7186.440000AB012909.1IGHV3-30*04IGHJ4*021193.0691.670000HW259028.1IGHV1-18*01FIGHJ4*02F1092.0187.23161531916AF236816.1IGHV3-11*01FIGHJ4*03F1398.9670.8399200SUM49716679322.4與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中HBsAb比對(duì)結(jié)果從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得人源HBsAb序列13條，人工合成的HBsAb序列105條，B4、B5BCＲCDＲ3受體庫(kù)與其比較，未發(fā)現(xiàn)完全相同的CDＲ3序列。通過(guò)IMGT/HighV-QUEST分析，獲得7條可比對(duì)分析序列，將B4、B5BCＲCDＲ3序列與之比對(duì)，得到V基因、J基因、CDＲ3長(zhǎng)度完全一致的總序列數(shù)為1160條，獨(dú)特序列48條，見(jiàn)表3。3討論生物體在長(zhǎng)期的種系進(jìn)化過(guò)程中形成一系列防御機(jī)制，包括固有免疫和適應(yīng)性免疫，同時(shí)形成了多種抗原識(shí)別機(jī)制，其中B細(xì)胞特異性識(shí)別抗原和抗體形成及分泌作為適應(yīng)性免疫的核心問(wèn)題，一直受·302·中國(guó)免疫學(xué)雜志2015年第31卷


本文編號(hào)：2904341